Генотип 4 5 гепатит с

Генотип 4 5 гепатит с

Hepatitis E Virus Genotype 4, Nanjing, China, 2001–2011
Источник: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3810912/

В течение 2001-2011 годов вирус гепатита E (HEV) был обнаружен в крови пациентов в Нанкине, Китай. У всех пациентов с ХЭВ-положительным было генотип вируса 4; субгенотип 4а был преобладающим. Эффективная популяция HEV в Нанкине увеличилась в ≈1980 и продолжалась до ≈2003, когда она плато.

Вирус гепатита Е (HEV) представляет собой одноцепочечный РНК-вирус семейства Hepeviridae с положительным смыслом. Штаммы HEV, заражающие свиней, кабанов, оленей, мангустов, кроликов и людей, относятся к роду Hepevirus (1). Хепевирусы делятся на 4 генотипа, которые вызывают спорадические и эпидемические вспышки гепатита E у людей. Вспышки эпидемии происходят главным образом в развивающихся странах Азии и Африки, а спорадические вспышки происходят во всем мире (2,3). Исследование показало, что HEV вызывает аутохтонный гепатит E в промышленно развитых странах (4).

Генотипы 1 и 2 передаются от человека к человеку и вызывают эпидемию и спорадические вспышки (3,5). Генотипы 3 и 4 передаются людям зоонотически (6) и вызывают прежде всего спорадические случаи гепатита Е. Доминирующим генотипом HEV в Китае является генотип 4 (5,7,8). Целью этого исследования было проанализировать распространенность и генотипы ГЭВ среди инфицированных пациентов в Нанкине, Китай.

В общей сложности 15 910 пациентов, поступивших во вторую больницу в Нанкине, провинция Цзянсу, Китай, из-за подозрения на острый вирусный гепатит в период с 1 января 2001 года по 30 апреля 2011 года, были оценены врачами для определения того, были ли они инфицированы HEV. Информированное согласие было получено от всех пациентов, участвующих в этом исследовании. Это исследование проводилось в соответствии с национальным регламентом этики и было одобрено комитетом по этике исследований Юго-Восточного университета в Нанкине. Поскольку несколько врачей оценивали пациентов, для диагностики вирусного гепатита использовали различные клинические симптомы. Пациенты были протестированы на HEV с использованием серологического анализа. В общей сложности 813 пациентов, которые были положительными для IgM против HEV, были протестированы на РНК HEV.

ELISA для антител против HEV (Wan Tai Biologic Pharmacy Enterprise Co. Ltd, Пекин, Китай) выполнялись в соответствии с инструкциями производителя. Собственные сэндвич-ферментные иммуноанализы использовали согласно Dong et al. (9).

HEV-праймеры были предназначены для амплификации сегмента 691-bp из открытых геномов 2-го кадра считывания 2 (таблица 1). Выделение РНК и секвенирование кДНК проводили, как описано (10). Определенные последовательности были депонированы в GenBank в соответствии с п.п. JX997438-JX997647).

Всего 210 последовательностей были выровнены с использованием ClustalX (11) и обрезаны на их концах для удаления пробелов с использованием BioEdit версии 7.0.5.3 (12). Все последовательности (n = 178) без даты сбора были удалены из набора данных. Этот набор последовательностей был проанализирован для оценки времени для последнего общего предка и создания графика горизонта. Эти последовательности выравниваются с открытой рамкой 2 считывающего кадра на nt 6454-6966 (номер доступа к GenBank AJ272108).

Последовательность подтвердила, что все 210 пациентов с положительной реакцией на HEV были инфицированы генотипом HEV 4. Эта исключительность, вероятно, отражает недавнюю тенденцию к заражению генотипом 1 к заражению генотипом 4, а доминирование генотипа 4 в Нанкине аналогично доминированию в других регионах Китая (7-9,13). Хотя год сбора образцов для сыворотки был зарегистрирован в течение 2006-2011 годов, до 2006 года конкретные годы сбора не регистрировались. Записи показывают, что в течение 2001-2003 гг. В больнице находилось 11 пациентов с положительным РНК-положительным гепатитом В, а в течение 2004-2005 гг. В течение 2006-2010 гг. Увеличение числа положительных пациентов с РНК-положительными новообразованиями было почти линейным. Общее число случаев острого гепатита Е в течение 2011 года не может быть определено, поскольку пациенты были обследованы только в конце апреля 2011 года (рисунок 1).

Вирус гепатита E (HEV) РНК-положительные пациенты в Аффилированной второй больнице, Нанкин, Китай. Данные за 2011 год относятся только к первым 4 месяцам года.

Подгенотипы определяли путем создания соседнего филогенетического дерева из всех последовательностей пациентов и контрольных последовательностей, полученных из GenBank: EF077630 для субгенотипа 4a, EU676172 для 4b, AB193177 для 4c, GU361892 для 4d, AY723745 для 4e, AB220974 для 4f и AB108537 для 4g, используя ClustalX (11). Обнаруженные субгенотипы представляли 4a, 4b, 4c, 4d, 4g и 3 последовательности, которые, по-видимому, относятся к неописанному субгенотипу и наиболее похожи на последовательности GenBank AB369690, AB521805, AB521806, DQ450072 и EF570133. Преобладающим субгенотипом было 4a (50,2%) (таблица 2). Субгенотипы 4b, 4c, 4d и 4g имели распространенность 5,4%, 9,3%, 32,7% и 1,0% соответственно. Неизвестный субгенотип имел преобладание 1,5%.

* Последователи с 2011 года относятся к первым 4 месяцам года. † Предполагаемый новый субгенотип.

Чтобы выяснить, произошло ли изменение распространенности в любом из 3 наиболее распространенных субгенотипов (4a, 4c и 4d), мы провели анализ χ2. Количество последовательностей субгенотипов, найденных для каждого субгенотипа, сравнивалось с каждым другим субгенотипом в смежных временных интервалах. Кроме того, количество субгенотипов сравнивалось между первым периодом (2001-2003 гг.) И 2010 и 2011 гг. Значения р для всех сравнений составляли> 0,11, за исключением сравнения между субгенотипами 4а и 4с с 2008 г. по сравнению с 2009 г. (p = 0,04 ). Значения для субгенотипов 4b, 4g и неизвестного субгенотипа были в пределах 2 SD от их соответствующих средств (таблица 2). Этот вывод показывает, что с течением времени существенных различий в распространенности субгенотитов не было.

BEAST версия 1.71 (14) использовалась для оценки времени для последнего общего предка и создания графика линии горизонта, как описано (13), но с использованием модели замещения 3-параметрической Kimura. Расчет времени для последнего общего предка для последовательностей с подтвержденными датами подсчета показал, что последний общий предк этих последовательностей существовал 102,5 года назад (диапазон 69,1-141,4 года назад). График горизонта, созданный из датированных последовательностей, показывает, что эффективная популяция HEV в Нанкине увеличилась чуть более 1 log. Это увеличение началось в ≈1980 и продолжалось до ≈2003, когда эффективная популяция генотипа HEV 4 в Нанкине достигла плато (рис. 2).

Эффективные популяции вируса гепатита Е, Нанкин, Китай, рассчитаны по последовательностям с известными годами сбора. Сплошная черная линия, средняя эффективная популяция; пунктирная черная линия, медианная эффективная популяция; серые линии, верхний и нижний пределы максимальной 95% -ной плотности. Ne — эффективная популяция с HEV, а τ — время генерации вируса в годах.

Текущие данные отличаются от данных, полученных Перди и Худяковым (13), которые показали увеличение эффективной популяции генотипа HEV 4 в Китае с ≈1900 до ≈1940, когда плавающая популяция плато. Хотя оба участка показывают увеличение эффективной популяции, что плато, периоды для этих изменений различались.

Существуют три потенциальные причины этих различий. Во-первых, поскольку более ранний график (13) был построен с меньшим количеством последовательностей, ошибка выборки может быть фактором. Во-вторых, более ранний график, тем не менее, использовал более длинные последовательности со многими другими сайтами сегрегации. В-третьих, предыдущий сюжет включал последовательности, происходящие из более крупного географического района. Вторая и третья причины потенциально могут привести к большему количеству сайтов с подстановками, что приведет к более высокому разнообразию последовательностей, что может продлить временные оценки в прошлом. Из-за этих трех разрозненных факторов мы не можем определить, какой сюжет будет более точным, или оба графика правильны в их конкретных контекстах. Тем не менее, общая черта обоих участков заключается в том, что эффективная популяция генотипа HEV 4 увеличилась и впоследствии достигла плато.

Эти данные свидетельствуют о том, что генотип HEV 4 подвергся относительно недавнему расширению в конце двадцатого века в Нанкине. Наиболее доминирующим субгенотипом является 4a, а распределение субгенотипов за последнее десятилетие не изменилось. Таким образом, стабильная популяция генотипа 4 HEV была создана в Нанкинском районе Китая. Этот вывод согласуется с тенденцией, наблюдаемой в других областях в Китае, где снижение распространенности генотипа 1 HEV сопровождалось увеличением распространенности генотипа 4 (5,7,8). Является ли эта замена генотипа 1 генотипом 4 изменениями в окружающей среде, изменениями способа передачи или внедрением генотипа HEV 4 в резервуары для животных, которым подвергались люди, требует дальнейших исследований. Такие исследования особенно актуальны в связи с продолжающимся увеличением в Китае распространенности острого гепатита Е, связанного с генотипом HEV 4 (15).

Предлагаемая цитата для этой статьи: Dai X, Dong C, Zhou Z, Liang J, Dong M, Yang Y, et al. Генотип вируса гепатита Е 4, Нанкин, Китай, 2001-2011 гг. Emerg Infect Dis [Интернет]. 2013 сентябрь [дата указана]. http://dx.doi.org/10.3201/eid1909.130013

Эти авторы внесли одинаковый вклад в эту статью.

Мы благодарим Chong-Gee Teo и несколько рецензентов за полезные предложения и исправления для этой статьи.

Это исследование было поддержано Национальной программой исследований и разработок высоких технологий (863 Программа 2006AA02A235) Китая, Фондом естественных наук (BK2006098) и Программой поддержки науки и техники (BE2009664) провинции Цзянсу, Китай.

Доктор Дай является дерматологом в больнице Чжунда, медицинской школе Юго-Восточного университета, Нанкин, Китай. Ее исследовательские интересы включают вирусные инфекции и возникающие инфекционные заболевания.



Источник: rupubmed.com


Добавить комментарий